Nu lanseras kartan över människans proteiner

Projektet är ett av Sveriges största forskningsinsats någonsin. 

Forskningsresultaten i form av information och vävnadsbilder över människans proteiner (proteomet) tillhandahålls fritt tillgängligt för alla via en interaktiv databas. Kartläggningen visar för första gången vilka och var människans proteiner är uttryckta i alla större vävnader och organ, så som hjärna, hjärta, eller lever, och vilka proteiner som är uttryckta i alla celler. 

De flesta läkemedel på marknaden idag fungerar genom att påverka proteiner och därför förutses kartläggningen vara en värdefull kunskapsresurs i framtida forskning inom medicin och life science, och bidra till utvecklingen av nya läkemedel och diagnostiska verktyg. Kunskapsdatabasen är även ett verktyg för forskare som är intresserade av människans biologi i övrigt och de som är verksamma inom translationell medicin, en disciplin där biomedicinsk forskning knyts samman med behov inom vården.

– Det känns verkligen som ett spännande ögonblick att lansera denna kunskapsresurs för forskarvärlden med detaljerade listor över vilka proteiner som finns i olika delar av människokroppen. Vi har jobbat tvärvetenskapligt med bioteknik, IT, och medicin, och kombinerat flera olika "omics"-tekniker för att göra det möjligt för oss att kartlägga proteiner ner till enskild cellnivå. Databasen är helt gratis med obegränsat tillträde till informationen, säger professor Mathias Uhlén som lett arbetet och bland annat är professor i mikrobiologi vid KTH.

År 2003, två år efter att DNA-sekvensen för människans alla gener tillkännagavs, startades The Human Protein Atlas-projektet med målet att kartlägga alla proteinerna som kodas av människans gener. I en multidisciplinär projektgrupp har IT-ingenjörer och forskare från flera olika lärosäten jobbat tillsammans för att skapa en interaktiv databas med 13 miljoner bilder. 

Idag jobbar 100 forskare inom projektet och det har tagit 1000 manår att skapa detta virtuella mikroskop genom vilket man kan se vilka proteiner som uttrycks i ett visst organ och lokalisera proteinet ner på cell-nivå.

Tidigare i år (den 29:e maj), gav den välrenommerade, internationella tidskriften Nature ut en upplaga med temat "The Human Proteome". I detta nummer uppmärksammades tre olika internationella projekt, alla med målet att kartlägga människans proteiner. En av artiklarna handlar om det svenska projektet "The Human Protein Atlas" och beskriver arbetet inför den planerade lanseringen av en första version av det mänskliga proteomet baserat på den metodik, transkriptomik och antikroppsbaserad profilering, som det svenska projektet använt. 

Mer än 300 vetenskapliga publikationer från The Human Protein Atlas-projektet har publicerats. Forskningsresultaten sammanfattas på en poster i den internationellt välrenommerade tidskriften Science (publiceras den 7 november) och i en digital version av postern på proteinatlasens hemsida.

Om The Human Protein Atlas-projektet:

The Human Protein Atlas, finansierat av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse, har inrättats för att möjliggöra en systematisk utforskning av det mänskliga proteomet genom att använda antikroppsbaserad proteomik. Projektet producerar affinitetsrenade antikroppar och använder dessa för proteinprofilering i olika vävnader och celler som är placerade i arrayer på mikroskopglas. 

För en mer detaljerad lokalisering av proteinerna i cellen används konfokalmikroskopi och humana cellinjer. 

Projektet publicerar expressionsprofiler för vävnader och celler i en publik, fritt tillgänglig, databas. 

The Human Protein Atlas är ett samarbete mellan forskargrupper på Albanova och Scilifelab, KTH - Kungliga Tekniska Högskolan, Stockholm, Sverige, Rudbecklaboratoriet, Uppsala universitet, Uppsala, Sverige, och Lab Surgpath, Mumbai, Indien. 

För mer information om The Human Protein Atlas, besök www.proteinatlas.org .

Tidskriften Natures upplaga med temat "The Human Proteome" återfinns här: www.nature.com/nature/journal/v509/n7502/full/509645a.html

Text: Tove Alm