SK2501 Bildfysik med inriktning mot biomedicinsk mikroskopi, utökad kurs 7,5 hp

• Grundläggande optik i ljusmikroskopet såsom bestående av mikroskopobjektiv och okular, och deras egenskaper såsom aberrationer, förstoring, numerisk apertur och synfält.
• Kontrastmetoder inom mikroskopi, såsom absorptionskontrast, fluorescens och varianter av faskontrast.
• Olika mått på bildkvalitet såsom upplösning, kontrast, signal-brus-förhållande (SNR), modulationsöverföringskurva (MTF), samplingstäthet, synfält och skärpedjup.
• Belysningssystem, särskilt Köhlerbelysning för transmission och flourescens, och hur belysningssystemet kan ställas in för att optimera bildkvalitet.
• Hur egenskaper hos mikroskopet och dess belysningssystem påverkar och begränsar bildens kvalitet, såsom upplösning och kontrast, huvudsakligen via Fourieroptik med hjälp av koncept som punktspridningsfunktion (PSF) och optiska överföringsfunktioner (OTF, MTF).
• Hur detektorn påverkar bildens kvalitet, såsom signal-brus-förhållandet (SNR) och sampling. Hur man samplar för att inte förlora information och få artefakter. En del mikroskopfotometri.
• Grundläggande principer för konfokalmikroskop och 3D-avbildning, inklusive upplösning och sampling i olika riktningar.
• Grundläggande nanoskopi och avbildning bortom den klassiska upplösningsgränsen.

Efter avslutad kurs ska studenten kunna:

• ställa in mikroskop och belysningssystem för optimal prestanda i transmissions- och
  fluorescens-mikroskopi.
• välja lämplig kontrastmetod och lämpligt mikroskopobjektiv för enklare mikroskopiska prover.
• utföra och rapportera kvantitativa mätningar med mikroskop, inklusive datorbearbeting och 3D-visualisering.
• tillgodogöra sig och redovisa innehållet i en vetenskaplig publikation inom mikroskopi.
• utvärdera hur olika mått på bildkvalitet påverkas av fysikaliska begränsningar kopplade till val av mikroskop och dess inställningar, samt använda denna kunskap till att välja lämpliga inställningar för nya experiment.

Engelska B/Engelska 6 

Grundläggande vågrörelselära, geometrisk optik och fotometri motsvarande SK1100, (Fysik grundkurs del II, 9 hp). Elementära kunskaper om Fouriertransformer.

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

• LAB1 - Laborationer, 2,0 hp, betygsskala: P, F
• SEM1 - Seminarium, 1,5 hp, betygsskala: P, F
• TEN1 - Tentamen, 4,0 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

Kursen examineras genom en kombination av muntlig och skriftlig tentamen (TEN1; 4 hp, betygsskala A/B/C/D/E/Fx/F), samt godkända laborationer (LAB1; 2 hp, betygsskala P/F), samt en seminariepresentation (SEM1; 1.5 hp, betygsskala P/F). Betyget för TEN1 avgör betyget på kursen.

Ja

Ilaria Testa

Anna Burvall

• Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
• Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
• Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.