Teori och metoder för: parvis alignment av DNA/RNA- och proteinsekvenser; multipel sekvensalignment; analys av DNA/RNA- och proteinsekvensmotiv; fylogenetisk analys; genexpressionsanalys. Publika databaser och verktyg. Programmering av grundläggande bioinformatiska algoritmer.
CB2442 Bioinformatik 7,5 hp
Kursen tar upp grundläggande bioinformatiska metoder för analys av molekylärbiologiska data.
Om kursomgång
Gäller för kursomgång
HT 2024 Start 2024-08-26 programstuderande
Målgrupp
Ingen information tillagdDel av program
Masterprogram, Industriell och miljöinriktad bioteknologi, åk 1, CBPB, Rekommenderad
Masterprogram, Industriell och miljöinriktad bioteknologi, åk 1, ENBT, Rekommenderad
Masterprogram, Industriell och miljöinriktad bioteknologi, åk 1, ENZT, Rekommenderad
Masterprogram, datorsimuleringar inom teknik och naturvetenskap, åk 2, Villkorligt valfri
Masterprogram, medicinsk bioteknologi, åk 1, Obligatorisk
Masterprogram, teknisk fysik, åk 2, TFYE, Villkorligt valfri
Perioder
P1 (7,5 hp)Varaktighet
Studietakt
50%
Undervisningsform
Normal Dagtid
Undervisningsspråk
Engelska
Studielokalisering
AlbaNova
Antal platser
Ingen platsbegränsning
Planerade schemamoduler
Kurs-PM
Kurs-PM är inte publiceratSchema
Länk till SchemaKursval
Gäller för kursomgång
HT 2024 Start 2024-08-26 programstuderande
Anmälningskod
51233
Kontakt
Gäller för kursomgång
HT 2024 Start 2024-08-26 programstuderande
Examinator
Ingen information tillagdKursansvarig
Ingen information tillagdLärare
Ingen information tillagdInnehåll och lärandemål
Kursinnehåll
Lärandemål
Efter att ha blivit godkänd på kursen ska studenten kunna:
- förklara grundläggande bioinformatiska metoder
- redogöra för tillämpningar och begränsningar av bioinformatiska metoder
- använda relevanta metoder för att analysera bioinformatiska problem
- tolka resultat av bioinformatiska analyser
- programmera grundläggande bioinformatiska algoritmer
Kurslitteratur och förberedelser
Särskild behörighet
Minst 150 högskolepoäng från årskurs 1, 2 och 3 varav minst 100 högskolepoäng från årskurs 1 och 2 samt kandidatexamensarbete måste vara avklarade. I de 150 poängen skall ingå avklarade kurser motsvarande minst 20 hp matematik, numeriska metoder, data, varav minst 5 hp utgörs av numeriska metoder och data, samt minst 15 hp totalt inom bioteknik, biokemi, och/eller molekylärbiologi.
Rekommenderade förkunskaper
Utrustning
Kurslitteratur
Examination och slutförande
När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.
Betygsskala
Examination
- LAB1 - Datorlaboration, 2,5 hp, betygsskala: P, F
- TEN1 - Skriftlig tentamen, 5,0 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F
Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.
Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.
Möjlighet till komplettering
Möjlighet till plussning
Examinator
Etiskt förhållningssätt
- Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
- Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
- Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.
Ytterligare information
Kursrum i Canvas
Ges av
Huvudområde
Utbildningsnivå
Påbyggnad
Övrig information
Ersätter BB2441 Bioinformatik