Algoritmer för problem som alignment, fylogeni, sortering genom vändning, en introduktion till dolda Markovkedjor.
DD2450 Algoritmisk bioinformatik 6,0 hp
Denna kurs är avvecklad.
Sista planerade examination: VT 2017
Avvecklingsbeslut:
Ingen information tillagdInformation per kursomgång
Kursomgångar saknas för aktuella eller kommande terminer.
Kursplan som PDF
Notera: all information från kursplanen visas i tillgängligt format på denna sida.
Kursplan DD2450 (HT 2009–)Innehåll och lärandemål
Kursinnehåll
Lärandemål
Studenten ska efter genomgången kurs kunna
- redogöra med egna ord för genreglering, centrala dogmat, mutationer som påverkar genom och experimentella "high throughput"-tekniker,
- implementera och redogöra för de algoritmer som beskrivs i kursen och hur de relaterar till varandra,
- tillämpa de grundläggande algoritmdesignmetoderna dynamisk programmering, MCMC och EM inom bioinformatik,
- redogöra för modelleringsprinciperna parsimoni, maskininlärning och bayesiansk modellering.
Kurslitteratur och förberedelser
Särskild behörighet
För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.
Utrustning
Kurslitteratur
Meddelas senast 4 veckor före kursstart på kursens hemsida. Föregående läsår användes material producerat vid institutionen.
Examination och slutförande
När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.
Betygsskala
Examination
- ÖVN1 - Inlämningsuppgifter, 6,0 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F
Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.
Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.
I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.
Övriga krav för slutbetyg
Inlämningsuppgifter (ÖVN1; 6 hp).
Möjlighet till komplettering
Möjlighet till plussning
Examinator
Etiskt förhållningssätt
- Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
- Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
- Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.
Ytterligare information
Kursrum i Canvas
Ges av
Huvudområde
Utbildningsnivå
Påbyggnad
Diskuteras med kursledaren.