Substitutionsmodeller och deras konstruktion.
Modeller för variation i evolutionär hastighet.
Trädrekonsiliering och modeller för duplikation och förlust av gener.
inferensmetoder som ML och MCMC
Inferensverktyg som exv MrBayes och RevBayes.
FDD3009 Beräkningsaspekter på fylogeni 6,0 hp
Information per kursomgång
Kursomgångar saknas för aktuella eller kommande terminer.
Kursplan som PDF
Notera: all information från kursplanen visas i tillgängligt format på denna sida.
Kursplan FDD3009 (HT 2013–)Rubriker med innehåll från kursplan FDD3009 (HT 2013–) är markerade med en asterisk ( )
Innehåll och lärandemål
Kursinnehåll
Lärandemål
Det övergripande målet är att ge grundläggande kunskaper i modellering av evolition.
Efter Fullföljd kurs ska du:
- känna till viktiga evolutionära modeller för substitutioner, duplkationer/förluster, intensitetsförändringar, mm.
- tilläpma dessa modeller på verkliga data med populära verktyg
- förstå interferensmetoder som används till fylogenetiska problem
- Kunna anpassa kända modeller till nya problem
Kurslitteratur och förberedelser
Särskild behörighet
Ingen information tillagd
Kurslitteratur
Artiklar
Examination och slutförande
När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.
Betygsskala
P, F
Examination
Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.
Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.
Examinator
Etiskt förhållningssätt
- Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
- Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
- Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.
Ytterligare information
Kursrum i Canvas
Registrerade studenter hittar information för genomförande av kursen i kursrummet i Canvas. En länk till kursrummet finns under fliken Studier i Personliga menyn vid kursstart.
Ges av
Huvudområde
Denna kurs tillhör inget huvudområde.
Utbildningsnivå
Forskarnivå