Sök
Kursen Tillämpad bioinformatik DD2404
Sök
English
HT 2016 appbio16
Stäng
HT 2016 appbio16
KTH
/
Kurswebb
/
Tillämpad bioinformatik (DD2404)
/
HT 2016 appbio16
HT 2016 appbio16
Logga in till din kurswebb
Du är inte inloggad på KTH så innehållet är inte anpassat efter dina val.
Logga in
Lärare
Arvind Kumar
Examinator
HT 2016 appbio16
Tillämpad bioinformatik
DD2404 | hp
Urval: endast omgång/grupp
Översikt
Nyhetsflöde
Schema
HT 2016 appbio16
Course outline
Lecture plan
Computer labs
Lab 1
Unix introduction
Working in Unix
Random DNA sequences
Reading Stockholm files
Re-formatting DNA
Translate DNA
Advanced assignment
Lab 2
Download genomes
Compute GC content
Comparing base composition
Compatibility
Advanced assignment
Lab 3
Translate DNA
Motif filter
KLEEK aligned?
Remote Blast
Blast parsing
Advanced assignment
Lab 4
Using BioMart
Your own database
Querying Ensembl
Advanced assignment
Deadlines
Project
Controls
Project grading
Project list
Reducing noise in protein multialignments
How often are domains single-exon?
Unravel motifs in UTRs and introns
Predicting signal peptides
How should DNA reads be trimmed?