"Våra framgångar är baserade på vetenskaplig nyfikenhet"

Institutionen för genteknologi huserar i SciLifeLabs lokaler i Solna. Cirka 70 anställda jobbar här, varav drygt 50 inom forskningsdelen. Resterande medarbetare arbetar för den nationella forskningsinfrastrukturen National Genomics Infrastructure, NGI, samt för Clinical Genomics, ett samarbete mellan KTH och KI som utför gensekvensering åt sjukhus.

Genteknologis prefekt Peter Savolainen berättar att forskningen till största delen är centrerad kring nukleinsyror, alltså DNA och RNA, samt till viss del proteiner. Forskningens inriktning varierar mellan de 12 olika forskargrupperna.

Som exempel på två riktigt framgångsrika professorer lyfter Peter Savolainen fram Joakim Lundeberg och Tuuli Lappalainen, som kom från USA förra året.

– De är två riktiga stjärnforskare vi har. Enligt KTH-bibliotekets mätningar är vi den bästa institutionen på KTH när det gäller forskningspublikationer. Vi har hög impact factor på tidskrifterna vi publicerar i och hög citeringsgrad på artiklarna, säger han.

Första populationsgenetikern

Professor Tuuli Lappalainens grupp, Functional population genomics, använder medicinsk populationsstatistik för att upptäcka medicinskt viktiga variationer genom att studera mänskliga populationer.

– Vi har inte haft någon populationsgenetiker förut, så det är en förstärkning till institutionen. Man vill ta reda på vilka genetiska varianter som har medicinsk betydelse. I förlängningen används kunskapen till behandlingar och till utveckling av nya mediciner, berättar Peter Savolainen.

Professor Joakim Lundeberg har på senare tid blivit uppmärksammad för sin metod spatial trancsriptomics, en metod för att analysera genaktivitet i vävnader, som valts ut som Method of the Year i den prestigefyllda vetenskapliga tidskriften Nature Methods.

– Då får man reda på vilka gener som är aktiva i olika vävnader, i delar av vävnaderna och till och med i vävnaders olika celler. Det senaste är att de tittat på cancertumörer och kringliggande vävnad och upptäckt att det som ser ut som frisk vävnad runt omkring tumören redan innehåller mutationer som leder till cancer. Det gör att man skulle kunna upptäcka cancerceller redan innan de har utvecklats till cancer, säger Peter Savolainen.

För att visa på forskningens bredd nämner Peter Savolainen ytterligare en av institutionens forskningsgrupper – Environmental genomics som leds av professor Anders Andersson. Gruppen analyserar mikrober på olika sätt med specialisering på mikrobpopulationer i Östersjön, plankton och bakterier.

– Dels är det för att identifiera vilka arter som finns där, för att kartlägga deras genom. Det är också ett sätt att övervaka utvecklingen av den biologiska miljön i Östersjön, som är basen för fiskar etcetera. Det går att se hur miljön påverkas av förändringar i syrenivå, näringsämnen och temperatur över tid. Gruppen har även tittat på människans tarmbakterier, alltså bakteriefloran i tarmen, säger Peter Savolainen.

Metodutveckling för alla

Det som är gemensamt för forskarna på Genteknologi är att de alla utför metodutveckling. Eftersom de flesta i grunden är ingenjörer är det deras starka sida.

– Vi identifierar ett samhällsproblem, gör en behovsanalys och om det saknas en analysmetod utvecklar vi den och använder den på problemet i fråga. Till stor del utvecklar vi metoder för att analysera medicinska problem, vi har mycket samarbete med medicinsk forskning på Karolinska institutet. Samma sak gäller för Anders Andersson och övriga grupper, att metodutveckling för både labbanalys och dataanalyser är centralt. Vi både genererar och analyserar massiva datamängder och behöver vara innovativa genom hela denna process.

Hur är det att jobba med de här frågorna?

– Det är ju väldigt spännande. Det är viktiga frågor, vi brukar säga att det här är ju verkligen ”curiosity driven science”. Vi är ganska självständiga och det är vi som bestämmer vad vi vill forska om. Det är kanske en orsak till våra framgångar som institution. Det är baserat på vetenskaplig nyfikenhet, och det har väl gått bra för oss. Det gäller att få anslag, det är en god cirkel, vi får anslag som gör att vi får fortsätta. Sen tycker jag allmänt att vi är ganska tävlingsinriktade, vi strävar efter att prestera på högsta nivå och publicera i de bästa tidskrifterna.

Själv har Peter Savolainen valt en lite annan bana, där det är svårare att få anslag. Han forskar på hundar – deras ursprung, historia och evolution, samt inom "hundkriminalteknik".

– Vi har identifierat att tamhunden härstammar från att vargar tämjdes i Sydostasien, men det är fortfarande en akademisk strid om detta där inte alla håller med. Vi har även identifierat australiska dingons ursprung, vilket är allmänt accepterat.

Har hjälpt polisen

Arbetet med att ta fram bättre metoder för att analysera DNA från hårstrån har lett till att Peter Savolainen hjälpt polisen i flera kriminalfall, bland annat när det gäller det så kallade Helénmordet.

– Vi har bidragit till polisutredningarna främst genom att ge polisen spaningsmaterial. Om man hittat hår från samma hund på två offer, är det förmodligen samma mördare. Vi har även gjort analyser där vi konstaterat att hårstråna inte kommit från den misstänktes hund. Så vi har friat misstänkta, men aldrig satt dit någon, säger Peter Savolainen.

Vad fick ni för påpekanden i forskningsutvärderingen RAE?

– Inte så mycket, de var ju ganska översvallande faktiskt. De skrev att det verkar vara en institution där det i stort sett inte verkar finnas några problem. De tycker att vi bör utöka samarbetet med Proteinvetenskap och andra institutioner, framför allt när det gäller storskaliga dataanalyser och artificiell intelligens. Vi har ju samma problem och arbetar med likartade saker. Detta håller vi verkligen med om. Med radikalt ökade datamängder blir storskalig datahantering och -analys allt viktigare inom vår forskning, och det finns omfattande expertis på KTH som vi skulle kunna utnyttja bättre..

Hur ser du på framtiden?

– Det är ju svårt att bli bättre, haha. Vi har många högklassiga studier på gång främst inom medicin. Som RAE-utvärderingen påpekar så ökar betydelsen av datahantering och -analys. En viktig aspekt är att KTH:s utbildning ska kunna förbereda våra studenter för denna framtid, med utökad undervisning inom biorelaterad dataanalys.

Text: Sabina Fabrizi